提供旗津居民免費乘船的福利，但高雄市輪船公司自102年辦理旗津卡換發後，遲未建立與戶政系統的鏈結機制，導致10年來大量遷出、甚至已死亡之持卡人，疑似還有旗津卡流落在外，嚴重損及營運收益，直到審計處於113年函請改善，輪船公司才於同年12月啟動系統比對，清查出4000多張失效卡片。
根據「高雄市旗津區居民優惠乘船實施辦法」第3條及第8條規定，乘船證之申請，應檢附最近3個月內設籍旗津區之戶籍謄本等文件向主管機關為之；乘船證使用人有戶籍遷出、死亡或虛報遷徙，主管機關得廢止或撤銷其乘船證。
審計部高雄市審計處112年12月查核發現，輪船公司自102年2月起推動旗津卡結合一卡通換發作業，卻長期未申請連線戶役政資訊進行身分勾核，導致票證管控機制流於形式。於113年3月對此管理缺失函請研謀改善，輪船公司遲至113年10月才正式完成戶役政資訊系統連線申請，並從同年12 月起開始針對遷出、死亡等異動名單進行逐月查對與實地稽查。
藉由「補破網」，審計處統計顯示，截至114年10月底，輪船公司已清查出 4,479 張失效的旗津卡，並全數執行鎖卡，若依114年度的使用數據推估，過去因行政不作為所造成的營運流失，在落實管理後，每年將可減少約293萬元的短絀金額。
